ฟุตบอลลีก ฤดูกาล 1890–91 (อังกฤษ: 1890–91 Football League) เป็นฟุตบอลลีกฤดูกาลที่สาม หลังจากครองตำแหน่งแชมป์ฟุตบอลลีกสองฤดูกาลแรก เพรสตันนอร์ทเอนด์ ร่วงลงมาเป็นรองแชมป์ และเอฟเวอร์ตันคว้าแชมป์ลีกเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของพวกเขาโดยมีแต้มห่าง 2 แต้ม ในขณะเดียวกัน มีการเปลี่ยนแปลงในลีกตั้งแต่ฟุตบอลลีกฤดูกาลที่แล้ว สโตกซิตีไม่ได้รับเลือกกลับเข้าสู่ฟุตบอลลีก ดังนั้นพวกเขาจึงเข้าร่วมกับลีกคู่แข่งของฟุตบอลลีกคือฟุตบอลอลิอันซ์ พวกเขาถูกแทนที่ด้วยซันเดอร์แลนด์ซึ่งได้รับฉายาว่า "ทีมแห่งพรสวรรค์" ในเวลานั้น